Con la raccolta di monumenti e testimonianze in pietra nel Tempio di Augusto nel 1802, il maresciallo Marmont diede inizio alla nascita della collezione museale a Pola. La scoperta di oggetti in pietra, ceramica e metallo fatta a Nesazio era la base per la fondazione del Museo civico, avvenuta nel 1902. Con il trasferimento della sede della Societa' istriana di archeologia e storia patria e dell' inventario archeologico da Parenzo a Pola, il Museo cittadino si uni' alla Collezione di stato ( monumenti in pietra) e al Museo provinciale di Parenzo dando vita ad un' istituzione museale di carattere provinciale. In questo modo, nel 1925 venne istituito il Regio Museo dell' Istria con sede nell' attuale edificio. Nel 1930 le sale del museo per la prima volta vennero aperte ai visitatori e nell' occasione fu pubblicata una guida in lingua italiana. La mostra, con qualche lieve modifica era accessibile al pubblico fino alla fine della Seconda guerra mondiale, quando durante l' Amministrazione angloamericana numerosi oggetti furono trasportati in Italia.

Nel 1949 con qualche ritocco al lapidario e alla disposizione degli oggetti rimasti,il museo venne aperto come Museo archeologico specializzato dell' Istria. In seguito l' edificio fu gradatamente rimesso a nuovo grazie a un lavoro sistematico e ad enormi sforzi. Nel 1961 dall' Italia fece ritorno parte del patrimonio precedentemente trafugato e si procedette all' elaborazione di un concetto didattico-visivo per la presentazione dell' intero fondo museale. Nel 1968 e' stato aperto il lapidario ristrutturato nelle sale al pianterreno e nei corridoi, nel 1973 sono state aperte le sale espositive della preistoria al I piano, nonche' del periodo antico, tardo antico e medio evo al II piano dell' edificio.

Le sale espositive del Museo archeologico dell' Istria vengono continuamente arricchite di nuovi reperti provenienti dalle localita' archeologiche della penisola (caverne preistoriche,castellieri e necropoli, antichi complessi padronali,vecchi fabbricati e cimiteri nonche' strutture sacrali del primo periodo cristiano e di epoca bizantina che erano i tempi delle incursioni barbare e dell' insediamento in Istria di popolazione slava).

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